Если вдруг папки стали ярлыками на флешке не нажимайте на них, а восстановите следующим образом.
Делаем файлы невидимыми
Нажимаем Пуск — Панель Управления — Оформление и персонализация — Параметры папок — Показ скрытых файлов и папок и в открывшемся окне ставим галочку (показывать скрытые файлы, папки и диски).

Теперь папки и ярлыки вместо файлов на флешке будут видны, но папки будут прозрачными.
Удаляем вирус
Ярлыки запускают один и тот же файл. Правой кнопкой мыши жмем на любой ярлык и нажимаем свойства. В свойствах нажимаем на вкладку ярлык и смотрим пункт объект.

Пункт объект довольно длинная, но в ней легко найти путь к вирусу, чаще всего это что-то типа 456325.exe в папке Recycle на самой флешке. Удаляем его вместе с папкой и теперь клик по ярлыку не опасен.
Приводим флешку в прежний вид
Удаляем все ярлыки наших папок так как они не нужны. Папки у нас прозрачные – это значит, что вирус загрузчик пометил их системными и скрытыми. Просто так эти атрибуты Вам не отключить, поэтому нужно воспользоваться сбросом атрибутов через командную строку. Этого можно добиться двумя способами:
Способ 1. Открываем Пуск — Пункт Выполнить — Вводим команду CMD — нажимаем ENTER. Открывается черное окно командной строки в ней нужно ввести такие команды:
cd /d e:\ нажать ENTER, где e:\ – это буква нашей флешки (может отличатся от примера).
attrib -s -h /d /s нажать ENTER – эта команда сбросит атрибуты и папки станут видимыми.
Способ 2. Создаём текстовый файл на флешке. Записать команду attrib -s -h /d /s в него, переименовать файл в 1.bat и запустить его. Если файлов много, то возможно потребуется время на выполнение команды, иногда до 10 минут!
После этого, можно вернутся к первому шагу и восстановить прежний вид папок, то есть, скрыть системные скрытые файлы. Теперь появившиеся на флешке ярлыки вместо папок пропадут и папки примут прежний вид.